stata completamente ricostruita sul finire del '600, dopo che un terremoto l'aveva gravemente danneggiata. E' difficile determinare la data della costruzione originaria; secondo la tradizione la chiesa venne edificata nel 916 per volere del papa Giovanni X, tale notizia trova conferma nei frammenti marmorei murati nella parete interna di facciata e nell'acquasantiera, unici resti dell'edificio romanico.

l primo ampliamento si é avuto nel XIII secolo; nel 1498 papa Alessandro VI affidò la chiesa ai Canonici Regolari Lateranensi. Nel 1573 venne mattonato il pavimento, fu costruito l'occhio di vetro e posta una croce sull'altare maggiore.
Nel 1697 iniziarono i lavori di ristrutturazione: la vecchia chiesa venne completamente distrutta e ricostruita a pianta esagonale, invertendone l'orientamento sull'asse principale, ossia con l'abside situato dove prima c'era il vecchio ingresso.

el 1707 fu costruita, sopra l'entrata, una finestra semicircolare per dare luce all'ambiente, ma non risultò utile in quanto vi fu poi collocato un organo. La facciata è stata completata nel 1857 e soltanto con la costruzione del nuovo campanile, nel 1929, furono portati a termine i lavori di rifacimento, iniziati alla fine del XVII secolo.
Nel vicino convento, oggi sistemato a sede espositiva, vi é un CHIOSTRO il cui disegno é stato attribuito al Sangallo. La pavimentazione del cortile é stata eseguita con ciottoli di fiume e mattoni, presenta quindi tipologie simili a quelle dei palazzi cittadini ristrutturati tra fine '500 e inizi '600.

l convento subì importanti modifiche alla fine del '600 tra le quali l'apertura dell'attuale ingresso che ha determinato un cambiamento di visuale del chiostro, al centro del quale é situato un pozzo di marmo del 1526-1532. All'interno del complesso del San Giovanni nella parte sotterranea , dove vi erano le cantine del convento attualmente vi ha sede l' Enoteca Regionale.